Организация состоит из девяти сильнейших ниндзя, которые предали свои селения (нукэнинов, 抜け忍). Когда Акацуки впервые были показаны на страницах манги, их было десять человек. События развивались, и один из них, Оротимару, покинул Акацуки, троих (Сасори, Какудзу и Дэйдару) убили, и ещё одного, по имени Хидан, погребли заживо. На данный момент Акацуки состоит из четырёх основных активных ниндзя, не считая лидера и Мадары Утихи, который сначала присоединился под именем Тоби, а затем инсценировал свою гибель и продолжил руководить со стороны.
Одна из целей организации — завладеть хвостатыми демонами, девятью чудовищами, заточёнными в телах людей. Один из них, Девятихвостый Лис, находится внутри Наруто. Сейчас они располагают как минимум тремя демонами: однохвостым барсуком Сюкаку, двухвостым котом Ниби и трёххвостым Самби. Перед тем, как захватить Сюкаку, Дэйдара рассказывает Наруто, что его товарищи уже владеют тремя демонами (всего в сумме шесть монстров).
Цель
Основная цель организации — захватить мир. Чтобы достичь этой цели, они следуют по чётко обозначенному плану, который состоит из трёх частей. Первая фаза — это собрать громадное количество денег, например, получать вознаграждение за поимку преступника на чёрном рынке. Вторая фаза — это создание группы наёмных ниндзя, не зависящих от какого-либо Селения или Страны (фактически конкурирующей со всеми). Соглашаясь на миссии за низкую плату, Акацуки резко увеличит свою репутацию. Затраты на это могут быть погашены за счет накопленных денег, в то время как другие селения ниндзя не смогут выдержать подобную конкуренцию. Третья фаза — это использование хвостатых демонов для развязывания и прекращения войн по собственному усмотрению, что поставит мелкие селения в зависимость от их организации. Лишённые сделок, другие селения ниндзя падут, оставляя Акацуки как единственную силу, которая на тот момент сможет с лёгкостью завоевать весь мир. Кроме того, в схватке с Дзирайей, Пейн говорит, что истинной его целью является использование хвостатых зверей для создания абсолютного оружия, которое он раздаст всем, чтобы каждый познал ту же боль, что и он.